Quận Huy Hoàng Đình Bảo giữ chức trấn thủ Nghệ An, rất được lòng dân. Trịnh Sâm nghi là có ý phản, bí mật bàn mưu với Nguyễn Lệ và Nguyễn Phương Đĩnh giết Đình Bảo. Đình Bảo vì có vợ thân thiết với Đặng Tuyên phi đang được sủng ái, nên biết chuyện, bèn làm tờ khải xin về triều, chúa y cho.

Đình Bảo cho rằng Đặng Thị tuy được chúa cưng yêu, nhưng con cô ta là Trịnh Cán còn bé mà Trịnh Tông thì đã trưởng thành. Sau khi về kinh, Đình Bảo cho đem lễ vật 100 lạng vàng, 10 cây đoạn gấm, làm lễ trình diện, đến yết kiến Trịnh Tông. Ông từ chối, không cho vào, lại nói riêng với người hầu hạ rằng:

Thằng giặc ấy sao không ở trấn Nghệ An để làm phản, lại về triều làm gì? Một ngày kia ta sẽ tịch thu gia sản nó, ta cũng đâu thèm chi cái lễ của nó.

Đình Bảo nghe được câu ấy, sợ lắm, tự suy nghĩ là mình không được thế tử bao dung, bèn ngả sang phe Đặng Thị Huệ ngầm chủ trương mưu kế bỏ người này lập người khác, Đặng Thị cũng hết sức giúp đỡ Đình Bảo, và biện bạch là Đình Bảo bị vu oan, lại cho Đình Bảo có thể dùng giữ việc trọng đại được. Trịnh Sâm tin lời. Do đấy, Đình Bảo được vào giữ chức trong chính phủ, lãnh chức trấn thủ Sơn Nam bằng cách vắng mặt. Quyền thế Đình Bảo làm nghiêng lệch cả trong kinh, ngoài trấn. Bọn quản binh và trấn thủ đều là môn hạ, chỉ có Nguyễn Lệ ở Sơn Tây và Nguyễn Khắc Tuân ở Kinh Bắc cùng Đình Bảo vẫn ngầm có ý đánh đổ Đình Bảo.

Bấy giờ Đặng Tuyên phi được sủng ái, lại có viện trợ từ Hoàng Đình Bảo, nuôi ý lập con mình là Cán làm kế tự, Tông cảm thấy bất an bởi khi Trịnh Sâm mắc bệnh, nhiều lần Tông không được vào yết kiến. Lại vì bên ngoài có lời đồn Trịnh Sâm bệnh nặng lắm, nên Trịnh Tông bèn bàn mưu với gia thần là Đàm Xuân Thụ và bọn đầy tớ nhỏ là Thế và Thẩm. Theo lời khuyên của bọn họ, ông bí mật chứa sẵn binh khí, chiêu mộ dũng sĩ, dự định khi Trịnh Sâm mất thì đóng cửa thành lại, giết Đình Bảo, bắt giam Tuyên phi, rồi báo cho quan hai trấn Tây, Bắc vào hộ vệ. Tông nghe theo, vay ngầm của nội thị Chu Xuân Hán 1.000 lạng bạc, để nuôi dũng sĩ và sắm khí giới[2]. Lại báo việc đó cho Nguyễn Lệ và Nguyễn Khắc Tuân đề họ sẵn sàng dự bị.

Đốc đồng Kinh Bắc Ngô Thì Nhậm[3] từng giảng sách cho Trịnh Tông, được kính trọng; cùng với Hà Như Sơn là học trò của Nhậm làm việc giữ sách. Như Sơn biết được việc, đem nói với Nhậm và Cấp sự trung Nguyễn Huy Bá. Bá cho con dâu vào làm thị tỳ hầu hạ Đặng Thị, lại sai người thân tín cầu cạnh làm hầu hạ Nguyễn Khắc Tuân, nên dò biết việc này, bèn vào phủ tố cáo. Đặng Tuyên phi bèn cùng Ngô Thì Nhậm hợp mưu cáo tố là Tông cấu kết với hai viên trấn thủ, mưu toan làm việc trái phép. Chúa giận lắm, cho triệu Hoàng Đình Bảo vào phủ, muốn trị tội ngay. Đình Bảo can rằng

Thế tử dám làm việc to lớn này, chính do viên quan hai trấn ở Tây và Bắc chủ mưu, nay họ đều cầm quân ở ngoài nếu trị tội một cách vội vàng, e sẽ xảy ra biến cố khác. Vậy chi bằng trước hết triệu hai viên trấn thủ ấy về triều, rồi sau sẽ dần dà phát giác sự trạng để trị tội.[2]

Chúa bằng lòng, bèn hạ lệnh triệu Nguyễn Lệ về. Khi Lệ về đến nơi, Sâm yên ủi có phần hơn trước. Cách mấy hôm sau lại sai bắt bè đảng của Lệ; nhân đấy lại cho triệu Nguyễn Khắc Tuân. Khi Tuân đã về, chúa bèn bắt giam lại cùng với Nguyễn Lệ và Nguyễn Phương Đĩnh, rồi sai Ngô Thì Nhậm cùng với hoạn quan là Phạm Huy Thức tham dự việc tra hỏi. Gặp lúc ấy, cha Thì Nhậm là Thì Sĩ tự tử, Nhậm phải về để tang, nên sai Lê Quý Đôn tra hỏi lại, bọn Xuân Thụ, Thế và Thẩm nhận hết tội lỗi.

Trịnh Sâm bèn truất Tông xuống làm con út, giết bọn Xuân Thụ, bắt giam Nguyễn Lệ và Nguyễn Khắc Tuân. Quận Hân Nguyễn Phương Đĩnh vì nuôi dưỡng không tốt, nên bị lột hết chức tước đuổi về làng. Khắc Tuân và Chu Xuân Hán đều uống thuốc độc chết. Trịnh Tông đã bị phế, ở ngôi nhà ba gian, ăn uống ra vào không được tự do, người ta đều lo ngại cho Khải, nhưng không người nào dám nói. Lúc ấy có viên tri châu cũ là Lê Vĩ, dâng thư biện bạch cho Khải là bị tội oan, nhưng không được chúa xét đến[2].